Op 25 augustus 2021 hebben de natuur en milieuorganisaties het ministerie van LNV formeel gevraagd om op de in de natuurvergunning opgenomen voorwaarden te gaan handhaven of de verleende vergunning aan te passen. In het definitieve antwoord van de minister d.d. 28 februari 2022 besluit ze daar geen gehoor aan te geven. Daarom hebben de gezamenlijke natuur en milieuorganisaties op 07 april 2022 bij de rechtbank Midden-Nederland een beroepschrift ingediend tegen dit besluit van het ministerie van LNV. De natuurorganisaties kunnen niet anders dan de rechter vragen een uitspraak te doen, waarmee ze het ministerie opdraagt op korte termijn de wettelijk verplichte en in 2008 afgesproken natuurcompensatie alsnog te realiseren.
De aanleg van Maasvlakte II (MVII) was belangrijk voor de Nederlandse economie en de ontwikkeling van de Rotterdamse haven. Bij de voorbereidingen werd duidelijk dat door de aanleg natuurschade zou ontstaan. Als gevolg van de aanleg is 2455 ha onderwaternatuur, belangrijk voor o.a. vissen, schelpdieren, zeezoogdieren en vogels verloren gegaan.
De Europese Commissie heeft in april 2003 een positief advies uitgebracht over de aanleg van MVII, op voorwaarde dat noodzakelijke compensatiemaatregelen werden genomen om verlies aan natuurwaarden te voorkomen. Dit zou gebeuren door de instelling van een zeereservaat in de Voordelta, gelegen voor de kust van de provincies Zuid-Holland en Zeeland. Binnen dit beschermde gebied zou de natuurkwaliteit moeten toenemen, doordat de bodemberoering door visserij werd afgebouwd.
Uit monitoringsgegevens, onderzoek uitgevoerd in opdracht van de overheid, blijkt dat deze kwaliteitsverbetering is uitgebleven, dat erkent ook het ministerie van LNV. Ook blijkt dat de intensiteit van de garnalenvisserij in het bodembeschermingsgebied sinds 2008 sterk is toegenomen. Die toename van visserijdruk is slecht voor de biodiversiteit. De afgesproken verbetering van de natuurkwaliteit zou juist zichtbaar moeten worden door een toename van het aantal soorten en hun voorkomen in het gebied. De natuurorganisaties willen daarom dat alsnog alle vormen van bodemberoering uit het beschermde gebied geweerd wordt, zoals oorspronkelijk de afspraak was.
Teo Wams, directeur natuurbeheer bij Natuurmonumenten zegt daarover: "De aanleg van de Tweede Maasvlakte is het grootste verlies van natuurlijk habitat in de recente Europese geschiedenis. Dat natuurverlies, nota bene in een natura 2000 gebied, moet worden gecompenseerd. Daarover zijn tot op Europees niveau afspraken gemaakt en dat is onderdeel van de verleende vergunning. De belofte van de overheid dat economie, leefbaarheid en natuur met elkaar in balans zouden zijn wordt niet nagekomen. We houden de overheid aan de die afspraak. Dat is niet alleen belangrijk voor de natuur, maar ook voor de samenwerking tussen betrokken partijen en met de rijksoverheid in het bijzonder."